二代矩阵开始，设立了尼欧，负责研究人类的心理，研究最终如何摆脱人类，使机器文明具备独立创新的能力，同时也建立了包括theone程序，母体世界在内的一系列配套的矩阵升级机制稳定机制。

这样矩阵有两个任务，一个任务是榨取被接入矩阵中的人类头脑中的创新思想，但电脑系统不可能永远意无问题的运行下去，最终还是崩溃了，然后重启，事实上是真实世界中人己被差不多灭绝，他们唯一的作用是放在器皿里榨干最后一丝价值，而世界总是充斥着轮回和循环，人类为了自身方便，发明了机器人，最终亡于机器人，而机器人为了使自身进步和强大，设立矩阵，最终亡于矩阵之手。